Za projekt ECONNECT je značilno veliko število partnerjev s pristojnostmi na regionalni, nacionalni in transnacionalni ravni ter dolgoletno sodelovanje.
Partnerstvo je neke vrste multidisciplinarno sodelovanje: regionalne in nacionalne uprave, mednarodne NVO, znanstvene ustanove in regionalni partnerji kot je 7 nacionalnih parkov. Znanstvene ustanove so zadolžene za analize in ocene ter pomoč regionalnim partnerjem v okviru polotnih projektov za ekološko povezovanje.